В общем разобрался в ситуации, дело было не в бобине как грится

Проблема была не с записью флеш. Процессор зависал при попытке выполнить конфигурационные команды в процессе записи конфигурации. Т.е. блокировки на время записи не было, точнее она была закомментирована и забыта.
Отключение инициализации TWI помогало потому что в том же цикле, где лежит исполнение конфигурации, инициировался обмен по TWI, который занимал его флагом и никогда не освобождал (т.к. прерывания были отключены) и выполнение конфигурации было запрещено, соответственно флеш записывался корректно.
Т.о. запись/чтение работали нормально

Тем не менее, было принято решение не хранить конфигурацию во внутреннем флеше. Теперь для этого используется AT45DB321.
Всех благодарю за наводки и комментарии