По-моему может быть несколько вариантов:
1.Аппаратные проблемы
-не запускается кварц (могут быть установлены конденсаторы не той ёмкости, например)
-неисправен программатор
(можно поробовать перешить ещё раз, сделать верификацию)
-мега всё-время находится в сбросе
-неисправна сама Мега
и т.д. и т.п.
2.Программные проблемы
- например прошивка битая или при компиляции что-то поменялось
- проблемы с фузами
Тут уж может быть всё что угодно