Портиться при старте ПЛИС? тогда:
А SRL на RST 2-й DLL стоит?
Чтобы вторая DLL не хваталась за кривые такты первой DLL нужно сигнал LOCK оной задержать на какое-то время и подать на RST второй DLL (возможно нужно проинвертировать ).
А если во время работы то частотомер единственное средство

((