Мне кажется, уже начальная установка "Зачем это нужно? Хотелось бы иметь собсвенные наработки на VHDL/Verilog и применять их где только возможно в силу универсальности" неверна. Как и "2) Произвольный выбор реализации уровня "проводов" от банального TTL, до LVDS" - на диапазоне скоростей "от 1MBit/s до <...> 100MBit/s" особо выбирать не надо, при желании можно одним 3В КМОПом все делать, тут все же играют роль другие вещи, а не скорость. Но, поскольку Вы просили не критиковать за "Пионерство", то как мне видится подход к выбору последовательного интерфейса (на проводах или оптоволокне, в радио - другая насыщенность математикой):
1) Если надо уметь сейчас или даже когда-то в далеком будущем подключаться к тому, что уже есть - вопрос решен однозначно самой задачей.
2) Если скорость до 10Гбит/сек - вопросы решены, и с вариантами. Варианты "пляшут" от требований к физическому уровню. Даже если есть какая-то узкая "протокольная" специфика, все равно "мелочь пузатая" вроде IBM/Motorola/Philips/Intel предпочитает сбиваться "в мелкие стайки" и годами жевать спецификации "супер-пупер" интерфейса-протокола, прежде чем выплюнуть что-нить типа USB (вместо, условно, RS232 и EPP), FlexRay (вместо - опять же условно - CAN) или CameraLink (вместо аналогового видео). Выбор готового варианта, имхо, дешевле, чем изобрЕтение своего. И по сути всем начхать на "с точки зрения математики реализации оптимального приемника" - по сути, изначально цифровой сигнал так прост в работе и устойчив из-за того, что избыточен по полосе. Главное - работает и деньги приносит

Хотя, скорее всего, скоро начнут вводить какой-нить график по ужесточению EMC, как по выхлопам авто (двигатели Евро2 в Росси делают, на Евро3 бабки на лицензии нашли, а на Евро4 пока еще нефти не напродавали) - чтобы заставлять покупать лицензии на новые ноу-хау...
3) Если нужна скорость от 10Гбит и выше - должно хватать денег на любые изыскания " с точки зрения математики реализации оптимального приемника ", но 100Гбит/с это уже не совсем вопрос для инженерного форума. Изобретите "универсальный приемопередатчик на VHDL/Verilog для ПЛИС за 20$, пригодный в диапазоне от 10 до 1000 ГИГАбит/сек" - и будет вам щасце однозначно (купил Xilinx фирму с RocketIO - и ваше решение с удовольствием купит

)
Еще, на скоростях <100Мбит гальваноразвязку можно легко сделать ADuM-ами и при наличии постоянки. Да и неасинхронных последовательных интерфейсов, имхо, совсем немного "живых".
Все же не удержался от критики, похоже