H-m-m, на счет первых Циклонов не скажу - не работал, на счет вторых - скажу точно EP2C20F484 и EP2C35F484 полностью совместимы снизу вверх. Там где у EP2C20F484 NC пины там же у EP2C35F484 находятся VCCIO либо VCCINT пины. Аналогичное могу утверждать и о совместимости снизу вверх EP2C5F256 и EP2C8F256. Может быть у первых Циклонов это правило было нарушено

Теперь если все же IO попадает на пин питания в старшем семействе. Сконфигурируйте эти пины как входы и не используйте их в дизайне, либо сконфигурируйте как выход и переведите в третье состояние. Ну не вижу я здесь проблем ни с одним ни с другим подходом.
А ставить перемычки на пины питания действительно нехорошо - падает способность подсистемы питания быстро реагировать на изменения в потреблении микросхемы, что пагубно отражается на ее работоспособности в режимах близких к предельным.