вы задаете отличные вопросы

Цитата
Вот ставим мы вектор сброса NIOS процессору на базовый адрем EPCS и смещение 0. Как он собственно находит, где кончается конфигурационный файл и начинается boot+апликуха ?
можно посмотреть код загрузчика, правда, там асм.
Цитата
А если я сотворю то, что сотворю, то есть помещу boot не сразу после конфигурационного файла, а после всех 3 - то тем более - как он его найдет ?
скорее всего загрузчику достаточно знать адрес. а какие у вас ПЛИС?