чтобы таймер заработал, его надо запустить:
Код
alt_irq_register(TIMER_0_IRQ, 0, handle_timer_interrupt);
IOWR_ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL(TIMER_0_BASE, ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_ITO_MSK|ALTERA_AVALON_TIMER_CONTROL_CONT_MSK|ALTERA_
AVALON_TIMER_CONTROL_START_MSK);
совершенно непонятно, что вы там наворотили с записью/чтением в UART. чем вас не устраивает доступ через HAL? (Embedded Peripherals IP User Guide 6 глава + Nios II Software Developer's Handbook 6 глава, Using Character-Mode Devices)