Меня почему-то смущает, что RocketIO в знакомом мне Virtex-IIpro начинается с 622MHz. Медленнее PLL-ка не запускается.
На spartan-3 не получится. Может быть лучше AVR-кой?

В природе есть трансиверы, которые по отношению к FPGA будут называться внешними, и есть spartan-6 с трансиверами на борту, arria, stratix gx ...