Делить в ПЛИС на что-то отличное от степени двойки несколько затруднительно . Ну и хорошо что памяти надо так мало уже вроде как DDR2 на 16 Мбайт сразу ни к чему

.
Осталось разобраться с вопросом что значит активный сигнал ? ..если активный сигнал это череда смен едениц и нулей то это одно , а если активный сигнал это наличие на соответствующем входе ограниченного по времени состояния (1 или 0) то это другое . От этого зависит как именно вы будете узнавать что измеряемое событие у вас начало происходить , с этим надо разобраться. Это я к тому что в первом посте вы говорили об измерении длительности импульсов а не о подсчёте их количеств.
Ну пусть у вас будет 42 счётчика , по какому-то измерительному интервалу с них со всех будет сняты показания и эти показания надо поместить в память (умножать на частоту ни к чему - это всё равно константа общая для всех измерений) , надо думать что и разрядность в 32 бита ни к чему если вы не собираетесь измерять ваши сигналы дольше чем 1 секунду . Результаты можно помещать , каждый по своему адресу в память суммируя с содержимым уже по этому адресу. Делить не обязательно, чтобы не тратить ресурсы понапрасну . Можно будет потом в МК просто дообработать ваши результаты .
Итого вам надо 42 ячейки памяти по (ну пусть будет

) 32 бита , а на самом деле ещё меньше , такого объёма вполне можно найти и в самой ПЛИС если конкретно в вашей плис стока памяти не найдётся - поставьте небольшую SRAM-ку