Код
SRC = $(wildcard *.c)
и оно просто подхватит все .c файлы в текущем каталоге.
У меня немного сложнее — в makefile проекта прописан перечень модулей (каталогов), после чего во включаемом общем для всех проектов avr-gcc.mak делаются нужные операции по вытаскиванию списка всех .c .cpp .S из всех модулей.