1. Про atmel советую забыть, был злой, написал это:
http://uchcom.botik.ru/boris/fpslic/errors/ про fpslic, но система одна и таже.
2. Я слишком молод для xc62
3. Думал, пришел к выводу, что выгоды нет. А если есть, то пользоватья штатными средствами не интересно, лучше разрабатывать свою прошивку, у которой что-то реконфигурируется. Например, у xilinx LUT может быть сдвиговым регистром и памятью. Если задвигать "конфигурацию", а пользоваться как памятью, то будет польза, как минимум, для приложений типа "подобрать ключ".
А вы с какой целью интересуетесь? Производительность at40k и virtex6 представляете как соотносятся?