Да действительно так оно и есть
Проект который компилировался в AVRStudio v4.12 c WinAVR-20050214 без проблем, при запуске тогоже проекта на компиляцию c WinAVR-20060125 - AVRStudio v4.12 просто зависает.
Так что очень похоже на то, что в ближайшем будущем появится еще одна версия WinAVR