Кое-что можно попробовать, правда решение для Virtex-II/IIpro. Но мало ли...
http://direct.xilinx.com/support/answers/18277.htmQUOTE
Insert OBUFEs on the outputs that are transitioning during configuration.
Bring the 3-state control signal of the OBUFE to an external I/O pin.
Ensure that the system drives this pin Low prior to pulsing the PROG pin Low.
Как я понял, природа явления заключается в том, что в выходах активируются PULL-UP резисторы по мере загрузки.
А решение неожиданное - на тех выходах, которые глитчат/глючат предлагается сделать tri-state,
управляющий сигнал вывести наружу и подключить к ножке PROG на плате.
Интересно, этот вывод и его разводка успеет к этому моменту сконфигурироваться?
К сожалению, не знаю в каком порядке что загружается.