1) Какая тактовая шины?
2) Недопонял - шина соединяет внутренние блоки одной ПЛИС, и/или эту ПЛИС с еще чем-то?
А вообще, проще всего впаять более быструю градацию микросхемы

.
Как показывает практика, если начинаешь чего-то менять в доставшемся по наследству проекте, заканчивается это полной его переделкой

.