Вы сначала определитесь, что у вас включено между RJ45 и Spartan. От этого будет зависить и ответ на ваш вопрос.
Если там стоит Ethernet PHY, то с его интерфейсом вам и работать (MII скорее всего). Если прямо голый трансформатор (или вообще концы от Spartan'а) воткнуты в RJ45, то могу только посочуствовать