я сам PDC не использую, потому как ещё не было такого, чтобы потоки данных просто тупо переправлялись в другой канал без обработки. Но вообще, у вас должно быть что-то типа такого в инициализации:
Код
AT91C_BASE_US0->US_PTCR = AT91C_PDC_TXTEN; //tx transfers enable (PDC channels can send data)
AT91C_BASE_US0->US_PTCR = AT91C_PDC_RXTEN; //rx transfers enable (PDC channels can read data)
если вы говорите, что буфер пустой, а данные по UART'у точно поступают - значит у вас PDC не включается, не всё инициализируется.