Цитата(Alexey Belyaev @ Jan 31 2011, 04:44)

т.к. после прошивки, бутлоадер просто делает jump на нулевой адрес, я решил, что MCUSR регистр не будет содержать флагов сброса. Так ли это?
Нет это не так, если вы явно не потерли все флаги бутлоадером.
Обратите внимание что биты статуса в MCUSR "are R/W". Вы можете определить свою комбинацию сброса, которая будет устанавливаться в MCUSR бутлоадером. в аппликейшине используйте ее как признак запуска через бутлоадер.