Была точно такая же проблема. Был куплен JTAG ICE MK2 и отладочный макет спаян на ATMEGA88. По ногам данная микросхема один в один. По регистрам и по памяти как небо и земля. Поэтому при написании программы ставились макро и логические имена и сразу предусматривалось два кристала. Сейчас проект закончен и отлажен. Тип кристала задаётся одной строчкой. Когда пишешь с нуля, то всё нормально получается. Проблемы есть если с кристала на кристал переходишь.
Кстати скажу ещё. Отлаживать всю прогу по JTAG как то не по мне. Уж лучше AVR STUDIO. Ну а сложные хомуты искать, - иногда сильно помогает. Я раньше всякие прибомбахи делал, чтобы инфу отладочную выводить, но это отнимает много времени. С годами ошибок почти не делаешь

ну если уж замудрил, то потом долго капаешься.
Удачи!