Цитата(SysRq @ Feb 27 2011, 00:47)

Bug 47696 - [AVR] Compilation for atmega2560 produces incomplete interrupt vector table (USART2,3)Проверьте таблицу векторов прерываний.
Bug свежепойманный, в WinAVR 2010
присутствует вроде бы... ...хм, посмотрел *.lss. Всё есть, и правильно, вроде бы.
PS: тег code
box же.
Ни чего плохого в таблице прерываний не нахожу.
Привожу её полностью.
CODE
+00000000: 940C0072 JMP 0x00000072 Jump
+00000002: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000004: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000006: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000008: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000000A: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000000C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000000E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000010: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000012: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000014: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000016: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000018: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000001A: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000001C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000001E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000020: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000022: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000024: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000026: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000028: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000002A: 940C0119 JMP 0x00000119 Jump
+0000002C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000002E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000030: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000032: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000034: 940C041E JMP 0x0000041E Jump
+00000036: 940C0402 JMP 0x00000402 Jump
+00000038: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000003A: 940C010A JMP 0x0000010A Jump
+0000003C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000003E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000040: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000042: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000044: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000046: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000048: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000004A: 940C0484 JMP 0x00000484 Jump
+0000004C: 940C0468 JMP 0x00000468 Jump
+0000004E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000050: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000052: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000054: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000056: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000058: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000005A: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000005C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000005E: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000060: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000062: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000064: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000066: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+00000068: 940C04EE JMP 0x000004EE Jump
+0000006A: 940C04D2 JMP 0x000004D2 Jump
+0000006C: 940C0093 JMP 0x00000093 Jump
+0000006E: 940C0554 JMP 0x00000554 Jump
+00000070: 940C0538 JMP 0x00000538 Jump
Первые строки обработчиков прерываний UDRE
CODE
@0000041E: __vector_26
80: {
+0000041E: 921F PUSH R1 Push register on stack
@00000484: __vector_37
115: {
+00000484: 921F PUSH R1 Push register on stack
@000004EE: __vector_52
149: {
+000004EE: 921F PUSH R1 Push register on stack
@00000554: __vector_55
184: {
+00000554: 921F PUSH R1 Push register on stack
Возможно это то самый баг, который Вы указали, но как его обойти в WinAVR-20100110 не знаю. Рекомендации даны для gcc.