FTDI ооооочень простая в использовании микросхема. С одной стороны у нее USB с другой UART/FIFO.
Выше правильно написали, что FPGA о USB ничего не знает. Общается с ней как UARTом либо как с FIFO.
После подключения к компу вашего устроийства с FTDI-микросхемой, обычно в винде появляется еще один последовательный ком-порт (в винде уже миллион лет есть стандартные дравйвера для FTDI). Если же порт не появляется, то с сайта FTDI можно скачать и установить. Тогда все появится.
После этого в программе для виндоус открываете порт как файл и пишете-читаете с него.
Код
fopen(COM4,...)
fread( ...)
fwrite( ...)
Можно просто в обычном терминале открыть этот порт и читать/писать в него.
Скорость у FTDI не шибко высокая, сколько знаю. До 1Мбс вроде. Могу ошибаться.
Cypress намного быстрее, но с ним действительно гораздо больше возни, по-сравнению с FTDI.