наверно проблема в другом, в ELF файле эти секции присутствуют для чотоб хранить инфу для отладчика, а когда из него делается уже файл прошивки берется обычно если ld сскрипт не навороченный только text bss data, все отсальное отбрасывается. это в самом ld скрипте написано что эти секции нигде не должны быть размешены(тоесть не указано что их нада размещать в памяти контроллера как например text).
еклипса сама ничего не делает

- ее пнуть нада, посмотрите лог компиляции и все увидите. а вообще makefile нада смотреть если он у Вас есть - там все настройки.
Дайте больше информации, а то мы пациента с завязанными глазами оперировать будем.