при отладке с JTAG mega128 AvrStudio не видит часть кода Опции

[andybeg]

имеем цикл типа

setstrob();
for(;;)
{
i++;
clrstrob();
if(timeout)
somfunc()
}

переменная timeout меняется в прерывании уарта и она вобщем то меняется, но if и его тело не видится и нет возможности поставить в него брэкпоинт ...

[demiurg_spb]

У Вас timeout в прерываниях изменяется?
Тогда добавьте квалификатор volatile:

Код

volatile int timeout;