Дело нехитрое.

Запускаем AVR32 Studio. Идем
File->New->Other...,
там выбираем
AVR C ProjectОбзываем проект, как надо, допустим "my_project".
Нажимаем кнопочку с тремя точками в Target Device, там выбираем AT32UC3B0256.
Нажимаем
OK и
Finish.
Все. Пустой проект создан!

Потом можно пойти во
Framework->Select Drivers/Components/Services добавить нужные компоненты из Фрэйворка.
ЗЫ: Еще бывает полезно в начале, вместо
AVR C Project, выбрать
AVR Example Project. Потом выбрать наиболее близкий к вашей задаче пример для данного процессора.
Тогда нужные компоненты из Фрэймворка добавятся автоматически и код сразу билдится будет без ошибок. А потом, отталкиваясь от примера уже добавлять свое.