Наиболее удобно посмотреть какие пины можно использовать как пользовательские, а какие нет можно в "Assignment Editor". Там где вы обычно назначаете какому сигналу какую ножку привязать.

. Можно ещё посмотреть вкладку в Quartuse - Assignments-> Device...->Device & Pin Options...->Dual-Purpose Pins.