при отладке с JTAG mega128 AvrStudio не видит часть кода Опции

[andybeg]

имеем цикл типа

setstrob();
for(;;)
{
i++;
clrstrob();
if(timeout)
somfunc()
}

переменная timeout меняется в прерывании уарта и она вобщем то меняется, но if и его тело не видится и нет возможности поставить в него брэкпоинт ...

[nk@]

Была подобная трабла. Попробуйте вместо for(;;) поставить while(1)
Отладчику for(;;) почемуто не нравится (притом не всегда )

[defunct]

Отладчику for(;;) почемуто не нравится (притом не всегда )

Чипуха полная. Для организации бесконечного цикла всегда использую for(;;) - с отладчиком никаких вопросов.
Скобочку { ставить с новой строки и по одному оператору на одну строку писать пробовали?..

и .. о чудо ... всё заработало предсказуемо и так как написал и нет непонятных перескоков ... шайтан

Никаких чудес, нет warning'ов - значит компилятор подтверждает, что правильно понял ваш текст.
Есть Warning'и - могут быть и непонятки, что вы и наблюдали.