Если вы работаете с отдельными битами, то накладывайте маску при операциях с портами во всех случаях.
Не
Код
P3OUT=0x30;
а
Код
P3OUT|=0x30;
или
Код
P3OUT|=BIT4+BIT5;
Не
Код
while (P3IN=0x00) {....}
а
Код
while ((P3IN&0x40)==0) {...}
или
Код
while ((P3IN&BIT6)==0) {...}
Макросы BITx определены в заголовочном файле msp430x4xx.h