Вот тоже купили Cyclone III не у официального поставщика. Надо было срочно, а срок официальных поставок был в несколько месяцев. Продавец говорил, что всё честно, со складов в Европе. Та же ситуация: в одном устройстве M25P40 нормально шьётся, в другом - не распознаётся silicon ID. Корпус BGA, менять ПЛИС очень не хотелось. Помогла замена USB blaster-а, притом второй - точно такой же, самопальный, у нас их паяли в одно время.
Научного объяснения у меня нет. А сигнал на выводе данных конфигуратора (это до прошивки, конфигуратор чистый, и ПЛИС всё время пытается в нём что-то найти) выглядит так, как будто его и правда подсаживают.
Эскизы прикрепленных изображений