Сначала надо разрешить кварцевый генератор, потом подождать, пока он устаканится, потом выбрать его в качестве источника тактирования.
В ССP никогда не увидите записанной сигнатуры - большинство битов там только на запись, читайте описание.
Вот мой ассемблерный код, но я не жду, т.к. у меня внешний генератор, запускающийся раньше проца.
Код
LDI r16,OSC_XOSCEN_bm|OSC_RC2MEN_bm//|OSC_RC32MEN_bm
STS OSC_CTRL,r16
LDI r16,CLK_SCLKSEL0_bm|CLK_SCLKSEL1_bm
LDI r17,CCP_IOREG_gc
OUT CPU_CCP,r17 ;загрузили Protect IO Register signature
STS CLK_CTRL,r16 ;внешнее тактирование