Я иногда делаю так: если мешает рассмотреть трассы на одном слое большой полигон типа Copper Pour (заливка) на другом слое, выделяю полигон, RMB - Properties, закладка Style, устанавливаю Pattern - диагональная штриховка, Line Width - поменьше, Line Spacing - около 0,5. Не забыть вернуть измененные параметры обратно перед отправкой в производство.