Непонятный глюк Опции

[wmakc]

Контроллер at91sam9g20, компилятор keil 4.03, загрузчик атмеловский.

Компилирую, зашиваю, все работает.
Меняю значение одной переменной, опять компилирую, зашиваю. Перестает отвечать Usart.
При этом меняется размер бинарного файла, хотя переменная char и за диапазон не выходит.

С чем это может быть связано, с компилятором, с памятью, с загрузчиком?

[wmakc]

переменная unsigned char num = 1;
меняю на unsigned char num = 2;
Меняется размер, но раз так и должно быть, значит не в этом дело. Больше изменений никаких, причем, если добавить еще одну переменную, то usart опять продолжает работать. Также была еще одна непонятная проблема, когда объявлял массив char непосредственно перед функцией его использующей, то у меня переставал нормально работать кодек jpeg(Даже правильнее не переставал, а просто сжимал картинку неправильно), но стоило изменить его размер и все начинало работать нормально. Только вот этот массив никак не используется при сжатии. Может все связано с тем, что некоторые массивы у меня очень большие, до мегабайта могут доходить и память под них неправильно выделяется?
Иногда помогает взять старый проект и скопировать в него основной файл с main.