С таким режимом использования LPC-шек могут быть грабли.
В режиме power down (отключена вся периферия) проснуться можно по внешнему прерыванию или по прерыванию от часов.
RTC могут генерировать прерывания с минимальным периодом 1 секунда (если не заниматься оверклоком часового кварца

).
Т.е. либо пересматривать логику (и ТЗ), чтобы просыпаться пореже, либо использовать idle (отключается только ядро, можно поставить прерывание от системного таймера), либо искать другой чип.