Лучше возьмите готовые микросхемки Channel Link у National Semiconductor (~5-6$ за штуку, это сразу сериализаторы/десиареализаторы). Теоретически оно можно и на ксалиновских LVDS-ах все сделать, но если с ними нет опыта общения, то лучше не гемороиться. Только если потренироваться из любви к процессу

Кстати, где будете покупать разъемчики? Я б тоже прикупил бы за компанию.