Для прошивки плисов Altera лучше использовать MPSSE (Multi-Protocol Synchronous Serial Engine ) режим USB контролллеров FTDI (смотрите, какие поддерживают). Очень удобный режим специально для синхронных последовательных интерфейсов. Только выводы должны быть подключены соответственно описанию MPSSE . На сайте FTDI выложены исходники на Delphi для отладочной платы MorphIC-II с плис Altera :
MorphIC-II Package.zip. В нём шьют напрямую плис с помощью MPSSE.