Выкладываю схему и программу на Builder C++ для системы на базе плис Сyclone III, FTDI FT2232HL, разведённой в соответствии с MPSSE, и EPCS16. Программ должна в принципе работать для всех аналогичных схем с плисами Altera и любыми EPCS. Код писал основываясь на исходниках SRunner (ищите на сайте altera.com) и упомянутых MorphIC-II Package.zip.