Не может быть важной разница в таймингах на уровне десятков пикосекунд. Это не гигагерцы.
А вот "хочется разобраться" - это аргумент.
ЗЫ А вообще не совсем корректная постановка задачи по выравниванию. Разница в длинах "плеч" практически не важна. Может быть немного важным выравнивание до одного чипа(одна матч-группа) и до другого(вторая группа).
ЗЫЫ Но если сильно хочется и время некуда девать, то можно равнять как угодно