Ну беда... видимо не смог объяснить. На скрине пример ПЛИСы с многофункциональными пинами. Подключенный там интерфейс в данном случае значения не имеет, просто этот дизайн под рукой был.
Эээ... не понял - что значит Ваше "...остальное делает САПР"? Надеюсь не автосвап имелся в виду???
А проблем со строками PINSWAP в Кэйденс нет по определению, ввиду отсутствия таковых

Все задается в таблице распиновки, в Парт Девелопере. Как оно записано в файле chips посмотреть можно, только незачем.