Могу ошибаться, но кажется, что если ножки JTAG использованы (запрограммированны) как вход/выход, то в будущем для перешивки этой микросхемы MV бластер уже не подойдет. Нужно будет искать фирму, имеющую специальный программатор.

А это влечет за собой еще и то, что микросхема не должна быть запаяна, а например стоять на панельке или каком то переходнике.