Если деньги позволяют - лучше всего используйте последовательный интерфейс с дифференциальной линией, например RS485.
Лучше добавить к нему стабилитроны - ограничители помех, но можно и обойтись без них.
Скорость передачи сделайте минимально необходимую.
И хотя бы простейшую программную коррекцию ошибок.
Диф. линия отлично убирает помехи по "земле", так что можно будет сделать один земляной (сила + сигнал) провод.
И обратите внимание на помехи от реле "своему" МК (в разделе про ЭМС была ссылка на отличную статью про это в частности), сделайте правильно барьеры из резисторов и разводки земель на плате.
Дросселей ставить не надо, особенно в цепи общей земли. Да и в цепи данных тоже

В проводе питания ещё можно поставить.
Либо сделать отдельно силовую землю без дросселей, отдельно - сигнальную землю и сигнал со связанными дросселями (на одном сердечнике).