Мнится мне, что проблема вовсе не в IAR и не в утилитах от Elprotronics, а в самой вашей программе. Скорее всего вы что-то недоинициализировали или пренебрегли какими-то задержками. Без подробностей с вашей стороны, и, не видя ни схемы включения, ни исходников, телепатировать весьма затруднительно.