Не работает отлаженный код, При малейшем изменении проекта Опции

[TABKP]

Исходные данные:
- ПЛИС Xilinx Virtex4, среда ISE 12.2
- мини проект состоит из 8-ми больших FIR - фильтров и небольшой программы на vhdl по обработке выходных данных фильтров. Фильтры занимают процентов так 70 ресурсов ПЛИС.
- работоспособность этого мини проекта полностью проверена в моделсиме
- непосредственно при загрузке в ПЛИС этот проект не заработал. При помощи логического анализатора и многократного переписывания кода (код изначально без ошибок - просто разными способами одно и тоже делается) удалось добиться стабильной правильной работы мини проекта.

Суть проблемы:
- при установке моего проекта в более крупный проект - он опять перестает работать
- более того - часть сигналов выведены на контрольные контакты платы и при удалении любого из этих сигналов из проекта с последующей перекомпиляцией - проект снова перестает работать.
- при отладке есть ощущение что ходишь по кругу - исправишь что-то в одном куске коде, перестает правильно работать другой кусок - и так до бесконечности

Подозреваю что все это результат неких "гонок" сигналов, каких-то проблем синхронизации и пр. в результате значительного заполнения ресурсов ПЛИС. Код полностью работоспособен, ибо при уменьшении количества фильтров проект начинает стабильно работать.

Вопросы к форумчанам:
1. Из-за чего возможно такое поведение проекта
2. Возможно ли победить данную проблему путем настроек компилятора
3. Возможно ли сохранить конфигурацию аппаратных средств ПЛИС после единственной работоспособной компиляции проекта и вставить ее уже в более крупный проект.