Первое, что бросилось в глаза -- это неправильное расположение настройки таймера на прерывания:
start:
ldi tmp1,low(RAMEND) ;
out SPL,tmp1 ;
cli
ldi tmp1,0b00000010 ;
out timsk,tmp1 ; включить Timer/Counter0
ldi tmp1,0b00000010 ;
out tccr0,tmp1 ; tccr0=0b00000010=CK/8
ldi tmp1,125 ;
out tcnt0,tmp1 ;
далее в програме идет, то разрешение, то запрет прерываний
clr r0 ;
clr r1 ;
clr r2 ;
clr r3 ;
clr r4 ;
ldi TIMH,0 ; Пауза
ldi TIML,50 ; на 0.5с для задержки
rcall pausa ; в ПП pausa есть SEI
cli ;
любая инициализация переферии и внутренних регистров должна проводиться без прерываний, а настраивать необходимые прерывания надо перед выходом в основной цикл. В данном случае перед меткой begin:
Второе: С помощью какого ассемблера проводилось ассемблирование? AVR Studio, при ассемблировании, ругается на оба файла.
Третье: Как заметил Alex_Pol установка фузов у тины сложнее чем для S1200

. Если временные задержки просчитывались для определенного кварца (для S1200), то и фузы надо перешить правильно под конкретную частоту.
Програма написана "влет" без тщателной отладки, поэтому советую найти серьезного програмиста заплатить ему "немного" мани и избавиться от "гемороя"

.