Bootloader на IAR, В ICC или CodeVisionAVR, можно выбрать между приложением и загрузчиком Опции

[Сергей Борщ]

Какой умный IAR, везде заглушки в прерывании наставил, где не используются

Это не он умный, это у вас галочка стоит в настройках проекта, которая выливается в заполнение свободных мест в адресах векторов константой. Т.е. при желании можно его заставить и другую команду туда вставить, только это от лукавого.

[haker_fox]

IAR и сам может сделать выходной файл в формате srec (motorola, motorola-s19, ...).
См. опции линкера.

К сожалению не использую IAR, поэтому даже как-то не задумался о такой возможности. Привык к avr gcc.