плату с AT91SAM9260 и J-link (мтлинк)
Можете привести скриншот экрана при запуске jlink.exe ?
А то у меня какую-то ерунду выводит.
На старых версиях dll jtag id определяет правильно, на новых версиях одни нули.
Правда и в том и в другом случае - неопознанное устройство...

((.
Может ли это быть связано тем, что кристалл - инженерный образец? (маркировка QU-ES)