Проблема первоначальной прошивки по JTAG Опции

[BSACPLD]

Проверьте установлена ли галочка Halt on-chip configuration controller.
Если она снята, то ПЛИС будет пытаться загрузиться в первую очередь из EPCS, а не по JTAG.
Поэтому она должна быть установлена.

Эскизы прикрепленных изображений