Периодически сталкиваюсь с такой проблемой: при запуске на отладку или при загрузке прошивки из диалога Device Programming, вываливается окно с вышеупомянутым сообщением
Поиски решения в тырнете успехом не увенчались, хотя с этой проблемой народ сталкивается. В результате мучений нашел не то что бы решение, но костыль, который помогает. Вобщем так: у меня установлена avr32studio 2.6 и atmel studio 6, которой и пользуюсь. Если случается вышеупомянутый гемор, я закрываю 6 студию, выдергиваю jtag(подключен и питается от usb), выключаю плату. Потом запускаю avr32studio, включаю отладчик и плату. В окне AVR Targets удаляю все таргеты, какие есть и выполняю ScanTargets. После того, как отладчик нашелся, в его свойствах выбираю свой mcu. Потом тыкаю в отладчик правой кнопкой и в контекстном меню выбираю пункт ChipErase. В большинстве случаев стирание проходит успешно, изредка вываливается сообщение, что случилась ошибка. Способов, кроме как повыключать питание платы, повыдергивать кабель usb отладчика и поотключать отладчик от платы не нашел, но они помогают не с первого, так со второго раза. Вобщем, после стирания чипа можно закрывать студию, отключать отладчик и питание платы и запускать атмел студио. Я обычно запускаю сначала Device Programming, выбираю свой контроллер и жму кнопку Device Signature Read. Данные считываются, закрываю диалог и запускаю отладку. До сих пор способ работал безотказно. Если кто то знает нормальное решение проблемы, напишите пожалуйста об этом, буду признателен.