Наверное можно через внешние выводы: у обоих таймеров есть внешние входы тактового сигнала, и есть выходы модулей сравнения-захвата.
С модуля сравнения одного таймера, вывести частоту для тактирования другого таймера. И при остановке одного - остановится и другой.
Можно и ещё один модуль сравнения вывести наружу, и уже по его сигналу - разрывать связь двух вышеупомянутых выводов контроллера (но придётся, наверное, транзистор ставить, для коммутации, или лог.элемент).
Только не совсем понятно, что значит "останавливать"? В зависимости от чего он должен останавливаться или запускаться?
Но! Если надо останавливать именно внутренними механизмами, то только программно - через прерывание. Другого способа я не знаю