Разобрался с прошивкой. Детали, может кому полезно будет.
1. Для прошивки достаточно переходника USB-COM. Я испытал PL2303 и FT232RL.
2. Программа для прошивки:
Flash Development Toolkit 4.09 - качается с официального сайта Renesas.
3. Подключение контроллера по схеме
Serial I/O mode 2. При этом сигнал P6_4 (Monitor output) можно оставить в воздухе, он ни на что не влияет. Достаточно только сигналов TXD и RXD.
После этого можно из программы FDT прошивать/читать микроконтроллер
Был такой нюанс.
После первой же прошивки тестовым дампом, программа FDT перестала соединяться с контроллером, жалуясь на неверный ID-код. Хотя код не изменялся, и верификация после прошивки была успешной.
После просмотра логическим анализатором дампов обмена выяснилось, что через PL2303 поступают неверные команды к контроллеру, и поэтому ввести ID-код не получается. Почему так случилось не понятно.
Замена на переходник FT232RL ошибку устранила, и всё заработало как положено. Если кто будет пользоваться PL2303 имейте ввиду.