20МГц на 3 канала по 1кГц это 6666 тактов на каждый отсчёт, за это время сделать с сигналом что угодно можно.
даже преобразование Фурье, зануление всех частот выше 10Гц и преобразование обратно.
хотя начать надо с требований к фильтру, "убраны все помехи" - не годится.
потом можно попробовать простые бих фильтры первого порядка: y += (x-y)/K
или простое усреднение по 20 точкам, чтобы 50Гц заодно задавить, этого может и хватит.
если нет, потом можно почитать про cic фильтры, они довольно простые, несколько сложений/вычитаний.
https://github.com/EsonJohn/CIC-filter - не самый удачный пример для msp430, но уж какой под руку попался, динамическое выделение памяти, произвольную длину фильтра и вообще плюсы убрать, останется несколько сточек.
у аналоговых девайсов вроде неплохой букварь был "Mixed signal and dsp design techniques"
ну ещё есть вариант взять какой-нибудь qedesign, задать в него параметры фильтра, и получить готовые коэффициенты, он там вроде даже какой-то C код генерить умел, если вылечить от жадности, не помню только как там насчёт целочисленной арифметики.