Было дело с затыками записи из FPGA в DDR. Система (чипсет?) не давала сигнал готовности устройству. В тот момент у нас была двухсокетная материнка, и мы свалили это всё на межсокетную когерентность, потому что на односокетной проблема ушла.
хотя может быть это просто DDR refresh был или memory scrubbing (ECC). фиг знает.
а вообще PCIe - не реалтайм by design, поэтому никто ничего не гарантирует. извините.
провоцируем неудовлетворенных провокаторов с удовольствием.