Цитата
Есть ПЛИС флешовая ( непосредственная загрузка) и три файла прошивки..
Всё-таки что значит флешовая? CPLD?
Цитата
Использовать 3 ППЗУшки для хранения, но там вроде отличается механизм загрузки
механизм загрузки чего? И от чего отличается?
Цитата
и файлы проекта для ПЛИС и ППЗУ
Файлы проекта для ППЗУ?
В общем, ниасилил. Но если всё таки предположить, что речь идёт о удалённой перепрошивке CPLD, то действительно, без внешнего контроллера не обойтись. Как пример, в хендбуке на MAXII есть глава ISP via Embedded Processors.